Under perioden 2001 - 2008 finansierade Mistra 30 idéstödsprojekt.Syftet med Mistras idéstöd var att bidra till att förverkliga nyskapande forskningsprojekt med stor potential för en bättre miljö. Ett idéstödsprojekt ska ha starka inslag av djärvhet, originalitet och kreativitet. Forskningen ska vara upptäckande, nytänkande och/eller omprövande. Forskningen kan också uttryckligen utmana eller ifrågasätta etablerade synsätt.